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多西紫杉醇化疗后三阴性乳腺癌差异表达基因的生物信息学分析

摘要 : 目的 本研究应用生物信息学技术,筛选多西紫杉醇化疗后三阴性乳腺癌(TNBC)差异关键基因,最终为 TNBC 的治疗及预后判断提供潜在的 生物标记物。方法 从基因表达综合数据库(GEO)筛选获得数据集 GSE70690,首先利用R语言筛选出测序平台样本的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),使用 DAVID 数据库对上述差异表达基因进行 GO(Gene Ontology)功能分析及 KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genome) 通路分析。应用 STRING 在线数据库和 Cytoscape 软件构建蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,并筛选 TNBC 的 hub 基因。结果 分析芯片数据,筛选得到 1430 个 DEGs,其中包括 745 个上调基因及 685 个下调基因。GO 和 KEGG 分析结果显示,差异表达基因与 DNA 复制、细胞器裂 变、核分裂、染色体分离等过程有关,并富集在细胞周期、细胞衰老、DNA 复制、p53 信号通路、同源重组等通路上。通过构建 PPI网络筛选得到了 10 个 hub 基因。结论 结论本研究筛选得到 10 个核心(Hub)基因,这些基因可能与 TNBC 的发展和预后相关,可为 TNBC 的诊断及治疗提供潜在的靶点。

  • 作者 : 刘亚博 1,2 孟志文 1,2 张风华 2,※
  • 作者单位 : 1.华北理工大学研究生学院 唐山 063000 2.河北省人民医院腺体外科 石家庄 050051
  • 关键字 : 三阴性乳腺癌;差异基因;生物信息学;生存率
  • 刊名 : 医师在线
  • 年,卷(期) : 2022 , 2
  • 所属期刊栏目 : 临床研究
  • 基金项目 :
  • 在线出版日期 : 2022-10-18
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